در مطالعه‌ای که توسط انجام شد، مشخص شد که چندشکلی تکثیر شده تصادفی نسبت به نشانگرهای مورفولوژیکی یا ایزوآنزیمی در شناسایی واریته‌ای هویج ۴۰ عملکرد بهتری دارد.
در توصیف تنوع ژنتیکی در واریته‌های ، 26 توده به پنج گونه و هفت زیرگونه توسط RAPD و پلی‌مورفیسم طول قطعه تقویت‌شده (AFLP) تقسیم شدند.
لیان و همکاران 34 منبع مربا هویج بزرگ را در 5 گروه و 8 زیر گروه با 20 آغازگر تصادفی توسط RAPD42 طبقه بندی کرد. در تحقیقات گرزبلوس و همکارانش، از RAPD و AFLP برای تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی هویج استفاده شد.
چهار لاین اینبرد و هشت هیبرید F1 از طریق فناوری AFLP43 شناسایی شدند. از شش ترکیب پرایمر سایت برچسب گذاری شده با توالی برای شناسایی نوع گلبرگ هویج از عقیمی نر سیتوپلاسمی استفاده شد. پنج لاین CMS به دو گروه و هشت هویج بارور در شش گروه طبقه بندی شدند.
در پرورش هویج برای مقاومت در برابر سوختگی برگ، از فناوری نقشه برداری مکان صفت کمی برای شناسایی QTL ها در هویج با زمینه های ژنتیکی جدید استفاده شد.
در دو هویج با زمینه ژنتیکی جدید مقاومت به یافت شد. QTLها برای سنتز آلفا-کاروتن ها، بتا-کاروتن ها، لیکوپن کاروتن و پیش سازها نیز یافت شده اند.
در میان نشانگرهای مولکولی، نشانگرهای تکرار توالی ساده راه مهمی برای تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی هستند. در تحقیق بارانسکی و همکاران، 88 نمونه هویج عمدتاً از اروپا، آمریکای شمالی و آسیا جمع آوری شد.
در این مطالعات نشانگرهای مولکولی زیادی شناسایی شده است. در میان این نشانگرها، برخی مربوط به مقاومت به بیماری، برخی مربوط به صفات کشاورزی و برخی منعکس کننده تنوع ژنتیکی هستند.همه این نشانگرها نقش مهمی در پرورش هویج با پایگاه داده توالی ژنوم هویج خواهند داشت.
